留學中國
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元正天皇灵龟二年（716年），时年19岁（虚岁）的阿倍仲麻吕被推举为遣唐留学生[3]。717年（唐開元五年），20歲的阿倍仲麻吕因汉文修养良好而獲選拔為遣唐留學生，同行的留學生還有僧人玄昉，以及後來成了日本右大臣的吉備真備等[3]。由多治比縣守從日本難波港（今大阪）率日本遣唐使一行人遠赴唐都長安（今西安），四船並聯，一行557人浩浩蕩蕩，西渡東海，在揚州（一說明州）登陸。
仲麻呂經過數年寒窗苦讀，參加唐制科舉考試，以優異成績考中進士。
留唐仕途
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725年（唐開元十三年），任洛陽左春坊司經校書（負責典籍整理，正九品下），728年左拾遺（從八品上），731年左補闕（從七品上）、仪王友等職[4]。由於他德才兼備，詩文俱佳，得到唐玄宗賞識，後被任命為祕書監，經常在玄宗身旁侍奉，兼衞尉卿。有說他獲唐玄宗賜名晁衡，但据《旧唐书》记载“朝臣仲满，慕中国之风，因留不去，改姓名为朝衡”,《新唐书》也记载“朝臣仲满慕华不肯去，易姓名曰朝衡”，并无赐姓名之事。
思鄉
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753年10月，晁衡與藤原清河等人率領四艘帆船，從蘇州黃泗浦（今江蘇鹿苑）啟航，駛往日本，他難掩心中思鄉之情，口中唱吟著思念故鄉的和歌《三笠山之歌》另一解釋為：晁衡在即將離開中國之際，抬頭看著月亮，心中充滿對中國的不捨，畢竟來到中國求學、做官，一晃眼四十年就過去了。這樣的情景令他想起想起多年前要離開日本到中國求學的那個晚上，在奈良的山上懷著對於離開家鄉不捨的心情看著天上明亮的滿月。兩個同樣的心境相隔了四十年。而月亮依舊：
天の原 ふりさけみれば 春日なる 三笠の山に いでし月かも （翹首望東天，神馳奈良邊，三笠山頂上，想又皎月圓。）
這首和歌後來被收錄到了《小倉百人一首》中，為該和歌集的第七首和歌，在日本婦孺皆知。
值得一提的是，船隊中還有一位揚州延光寺的著名高僧同行，他就是鑑真和尚。這位年過六旬的得道高僧自從十一年前答應日本友人的邀請，決心遠赴東洋傳揚佛法，曾多次率弟子渡海，但都被風浪所阻。這次已是鑒真第六次東渡了。
遭遇風暴
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這次船隊在中途亦遇上了大風暴，他們被沖散了。鑑真和其餘兩艘船各自開到了日本，而晁衡等乘坐的船卻下落不明。直至754年3月，仍然杳無消息。詩人李白以為他已遇難，悲痛地寫下了七言絕句《哭晁卿衡》這一名作，以表達對友人晁衡悲切的思念之情。然而實際上晁衡與藤原清河的船于753年十一月二十一日平安抵達琉球，但其後在駛向奄美大島途中遭遇風暴，船隻隨風漂流到了安南驩州（唐屬地，今屬越南）。雖未沉沒，但卻被當地的盜賊襲擊，致一百七十多人罹難，但他與藤原清河竟奇蹟般生還。755年，他與十多位倖存者歷盡艱險，又回到了長安。是年安祿山之亂（歷史上與史思明之亂合稱安史之亂）爆發，往來中國與日本的路已變得相當危險，晁衡便打消了回日本的念頭。
重回長安
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晁衡又重回仕途，他又先後深得肅宗及代宗信任，由左散騎常侍（御前諫官，從三品）至安南都護、安南節度使（河內當地最高官員，正三品）等職。761年至767年這六年期間，晁衡都在河內的安南都護府出任，最後官至潞州大都督（從二品）、至光祿大夫、兼御史中丞、北海郡開國公，食邑三千戶。為終唐一世入唐倭人任官最高者。而藤原亦留唐出任祕書監等職，再未能歸國。
据《古今和歌集》，宝龟元年（唐大曆五年，770年）正月，晁衡最終長眠於長安，埋骨唐土。天皇追封正二品官位。這段史話被中日史籍引為美談。